コスモ歴20X5年、外宇宙調査船が宇宙海賊に襲われ「惑星SR388」で発見された未知の生命体「メトロイド」のカプセルが奪われてしまった。
「メトロイド」が海賊の手によって、武器として使われるようになれば銀河文明が破滅してしまう。連邦警察は必死の捜索の末、海賊の本拠地「要塞惑星ゼーベス」を発見、総攻撃を行ったが、海賊の抵抗は強く、攻め落とすことはできなかった。そこで、連邦警察は最後の手段として宇宙戦士をゼーベスの内部に侵入させ、要塞の中枢であるマザーブレインを破壊する作戦を決定。選ばれた宇宙戦士が「サムス・アラン」である。実はゼーベスはサムスが幼少時代に育った場所でもある。(リメイク版の「ゼロミッション」より)
惑星ゼーベスは自然の要塞で、外側は特殊な岩に覆われ、内部が複雑な迷路になっている。しかも、海賊の手によって様々な仕掛けや“罠”が張り巡らされており、至る所に不気味な海賊の手下が待ち受けている。ゼーベスの侵入に成功したサムスはマザーブレインを倒し、銀河文明を救えるだろうか？出展元：ウィキペディア
