舞台は遥か彼方の世界。パラメキア帝国の皇帝は地獄の底から魔物たちを呼びよせ、全世界に総攻撃を仕掛けた。フィン王国はカシュオーン王国、ディスト王国と共にこれに反旗を翻し抗戦するが、圧倒的な軍事力と魔物たちの前に敗退を重ね、ついには陥落。そしてまた、フィン王国に住むフリオニール・マリア・ガイ・レオンハルトの4人の若者たちも故郷を奪われ、迫り来る帝国の魔の手から逃亡を続けていた……。
しかし逃亡むなしく帝国軍の襲撃を受け、フリオニールらは倒れる。反乱軍を指揮しているフィン王国の王女ヒルダは彼らの内、フリオニール・マリア・ガイを発見し側近である白魔道士ミンウによる治療を施す。フリオニールらが目覚めた先のアルテアの町は、他にもフィンから逃れてきた住民や義賊ポール、カシュオーン王国から落ち延びてきた第2王子ゴードンらも居た。フリオニールらは反乱軍への参加を志願すると共に、襲撃により行方不明となったマリアの兄・レオンハルトの捜索を胸に誓う。 当初は参加を断っていたヒルダだったが、占領されたフィンへの潜入・帰還を果たしたその実力を見てフリオニールらの参加を歓迎。その後、敗北の原因を武具の性能の差と考えていたヒルダは、帝国が用いていた金属「ミスリル」の入手を初任務として命じ、ミンウの力も借りてフリオニールらはこれを達成する。
次なる司令は帝国がバフスクの町で建造中の大戦艦の破壊。しかし潜入を試みようとするも帝国軍のダークナイトとボーゲンに完成を告げられ、大戦艦はあと一歩の所で飛び立ち、町を破壊していく。次の作戦は大戦艦と同じ動力源である「太陽の炎」を入手してエンジンに投げ込み、バランスを崩す事で破壊するというものであった。しかし、「太陽の炎」があるカシュオーン城に自由に入れる王子ゴードンはアルテアの町から行方不明。仕方なくフリオニールらは代替手段である「女神のベル」の入手を目指し、ミスリル入手の際に娘ネリーを救出したヨーゼフの協力を得て雪原へ出向く。なんとか「女神のベル」を入手し、さらに現れた帝国軍のボーゲンを撃破するも、落石からパーティーをかばいヨーゼフは落命してしまう。悲しみを胸に目的地のカシュオーン城に潜入。途中、同じ目的で既に潜入していたゴードンと共に、ついに「太陽の炎」を入手する。帰路は、ポフトの町のシドの飛空艇での迎えを予定されていたが、目の前で大戦艦に追跡される飛空艇を目撃。ヒルダがさらわれた事を知ったフリオニールだったが、補給中の大戦艦に潜入し、シド・ヒルダを救出の後、大戦艦をついに爆破する。
帰還後はミンウの治療を施されていた王の遺言が次の司令となった。ゴードンは反乱軍の指揮、ミンウは究極魔法アルテマの入手、そしてフリオニールらは、滅ぼされたディストに赴き、重要な戦力である竜騎士と飛竜の捜索を命じられる。途中、女海賊レイラを味方に付け、ディストに到達するも、発見できたのは余命幾ばくもない最後の飛竜のみ。この飛竜の望みである卵をディストの洞窟の命の泉に沈め、新たなる飛竜の誕生を待つ事となる。
アルテアに戻ったフリオニールらだったが、救出したはずの王女ヒルダの様子がおかしいことを周囲に告げられ、ヒルダ本人に確認しにいく。ヒルダはフリオニールを誘惑しようとするが、その正体は偽物、帝国の魔物でありこれを撃破。同時に帝国の催しとして闘技場が開かれ、その賞品がヒルダであるという情報が入る。これに参加して勝利。案の定罠があったものの、ポールの助けもあって無事に本物のヒルダの救出を果たす。
ついに攻勢に出る事となった反乱軍はまずはフィンの奪還を目指す。フリオニールらは帝国の司令官を撃破し、ついにフィンは解放される。その後、ミンウの連絡が来ない事を心配したヒルダからミシディアの塔への捜索を命じられる。究極魔法が封印されたミシディアの塔は二重三重の侵入を拒む仕掛けがあり、方々で必要なアイテムを入手しながら塔を目指す。塔目前では封印を守る怪物リバイアサンに飲まれ、パーティーに居たレイラは行方不明に。しかし、全滅した筈の竜騎士・リチャードと遭遇し、パーティーに迎え入れる。リチャードはディスト陥落の前に単独任務でアルテマ入手を目指していた為無事だった。リバイアサンを脱出し、ミシディアの塔へ潜入。ミンウの多大なる犠牲の末、ついに究極魔法「アルテマ」を入手する。
塔から脱出したフリオニールらを待っていたのは、町を破壊しつくし、フィンをも滅ぼそうとする皇帝の魔力が生んだ「竜巻」だった。しかし、皇帝自らが「竜巻」で乗り込んできたという事は返り討ちにする千載一遇の好機。新たに誕生した飛竜の力を借りて竜巻に潜入し、ついにフリオニールらは皇帝を討ち倒す。
皇帝撃破の報を受け、ついに平和が訪れると勝利に酔いしれるフィン城内であったが傷ついた兵士がダークナイトことかつての仲間・レオンハルトの新皇帝即位を報告。フリオニールらは、竜巻の犠牲となったシドの形見である飛空船を"貸し"てもらい、帝国の本拠地・パラメキア城へ潜入。直接レオンハルトへの説得を試みようとするが、突如、倒した筈の皇帝が地獄から究極のパワーを身につけて復活。この危機をリチャードの犠牲によってかろうじて脱出し、乗り切る。
フィンに帰還し、ヒルダに皇帝の復活を報告するフリオニールら。もはや帝国による世界の支配ではなく全ての命の殺戮を目的とする皇帝に、レオンハルトもマリアの説得を受け入れ、パーティーに参加する。
そしてフリオニールらは、皇帝との最終決戦のためパラメキア城跡地に現れた皇帝の居城・パンデモニウムへと赴く。出展元：ウィキペディア
