これは、「時の引き金(クロノ・トリガー)」を引いてしまった者達の物語――
ガルディア王国歴1000年。平和なこの時代に暮らす少年・クロノは、王国千年祭の日に活発な少女・マールと出会う。
成り行きから千年祭を見て回り、仲良くなった2人はクロノの幼馴染である発明少女・ルッカが発明したワープ装置の実験会場に向かった。
実験は大成功……と思いきや、マールのペンダントが共鳴し、不気味な空間の歪みが出現。マールはその中に引き込まれ消えてしまう。
クロノは消えたマールを追いかけ、空間の歪みに飛び込む。たどり着いた先は、クロノ達が生まれるよりずっと前、中世のガルディア王国であった。
ふとしたきっかけから始まったこの冒険は、時空を超えてこの星の謎を突き止める為の壮大な戦いへと発展していく。