西暦21XX年。科学の発展は、人に匹敵する人工知能を持つロボット:レプリロイドの出現と自然環境の消滅を同時に引き起こした。
人とレプリロイドが共存するこの世界では、AIの異常によって暴走したレプリロイド:イレギュラーを排除するイレギュラーハンターの存在があった。
しかしそのイレギュラーハンターの大幹部:Σ(シグマ)が突如イレギュラー化。
同時に人類を抹殺しレプリロイドだけの理想郷を作り上げることを宣言し、クーデターを起こした。
鎮圧に向かう仲間が次々と破壊される中、エックスとゼロの孤独な抵抗が始まる。
