基本的な世界観は前作と同様(『ロックマンX』参照)。
ストーリーは、突然起こった特Aクラスのレプリロイドの反乱とその背後に暗躍する「カウンターハンター」という謎の集団との戦いをもって描かれている。
先の戦いで大破したゼロの復活も1つのキーテーマ。今後のシリーズの中で大きな焦点となっていくゼロ出生の秘密の一端が不鮮明ながら明かされる他、『ロックマンシリーズ』のある重要人物を思わせるキャラクターが登場するなど、新たな局面を迎えている。
本作以降、シリーズでは(コンピュータ)ウイルスが重要なファクターとなったが、これは稲船氏が世界観をより先進的にしようと、当時はまだ一般には余り知られていなかったコンピュータウイルスを取り入れたため。
